不配合组织调查的认定和处理方式如下：

人民法院的处理

拒不配合调查的，人民法院可以根据情节轻重予以罚款、拘留；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

法院向有关单位或部门调查取证时，对方不配合的，人民法院应当责令其履行协助义务。

行政机关的处理

不配合监督检查部门调查的，由监督检查部门责令改正，对个人可以处五千元以下的罚款，对单位可以处五万元以下的罚款，并可以由公安机关依法给予治安管理处罚。

不配合反垄断执法机构调查的，由反垄断执法机构责令改正，对个人可以处二万元以下的罚款，对单位可以处二十万元以下的罚款。

其他法律后果

不配合土地调查人员依法进行调查的，由县级以上人民政府国土资源主管部门责令限期改正，可以处5万元以下的罚款；构成违反治安管理行为的，由公安机关依法给予治安管理处罚；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

拒绝或者阻挠土地调查人员依法进行调查的，依据《土地调查条例》第三十二条处理。

综上所述，不配合组织调查的行为将受到不同程度的处罚，从罚款、拘留到刑事责任追究不等，具体处理方式取决于调查主体和具体情况。建议相关单位和个人在接到调查通知后，应积极配合，以免产生不利的法律后果。