刘裕灭司马一族的原因是多方面的，主要包括以下几点：

司马家族的暴政和苦难：

司马家族在统治期间给老百姓带来了极大的苦难，尤其是在“八王之乱”和“五胡乱华”之后，百姓对司马家的怨恨深入骨髓。

消除士族威胁：

尽管司马氏已经沦为士族傀儡，但其百年皇族余威仍在，对新兴政权构成威胁。刘裕出身草根，深知“前朝正统”对新兴政权的威胁，因此他决定彻底铲除司马家族，以消除反对者的旗帜。

政治表演和合法性塑造：

刘裕以“收复河山”自居，屠戮司马氏既是对汉人屈辱史的“复仇”，也是塑造自身合法性的政治表演。通过灭司马氏，刘裕可以展示自己的决心和能力，巩固自己的统治地位。

清洗门阀政治：

刘裕对士族特权阶层深恶痛绝，灭司马氏不仅是对司马家族的打击，更是对士族政治的一次重大清洗。他借此机会推行“土断”改革，将土地归还平民，以寒门之力重塑政权根基。

防止司马家族复辟：

刘裕深知一旦司马家族后人振臂一呼，可能会引发大规模的叛乱，威胁到新生的刘宋政权。因此，他选择将司马家族斩草除根，以绝后患。

个人野心和权力欲：

刘裕从一个农民突然变成一个皇帝，这种蜕变可能让他变得疯狂和偏执。他可能认为通过屠杀前朝大臣，可以巩固自己的权力，消除任何潜在的威胁。

综上所述，刘裕灭司马一族的原因是多方面的，既有对百姓苦难的回应，也有对新兴政权稳定性的考虑，更有对个人野心和权力的追求。这一行为在历史上备受争议，但也反映出了当时政治环境的复杂性和残酷性。