短信告知不按规定停放车辆但仍然被开单的原因可能有以下几种：

停车位置不正确：

车辆可能停在了不应当停放的区域，例如非机动车道、人行道上或者消防通道等，这些区域通常是不允许停车的。

停车方向错误：

车辆停放时没有按照道路上的箭头指示或停车位的规定方向停放，比如逆向停车，即使车辆停在了停车位内，也会被视为违规停车。

停车时间超时：

有些停车位设有特定的停车时间限制，如10分钟、半小时等。如果车主超过规定时间未离开，会被视为超时停车，从而被开罚单。

压线停车：

车辆在停车时车轮压线，没有完全停在停车位内，这样会影响其他车辆的停放或通行，也会被认定为违规停车。

未及时驶离：

车主在收到违停短信后，如果没有在规定的10分钟之内驶离车辆，也会被开具罚单。

系统记录：

有时即使车主及时驶离，系统也可能因为之前记录下的违停行为而开具罚单。

为了避免被开罚单，车主在停车时应仔细查看停车位的标识和规定，确保车辆停放在指定区域内，并且注意停车时间和方向。如果不确定具体规定，可以询问相关人员或查看停车场的公告。