《穿越西元3000后》的结局如下：

叶冰瑶的回归：

叶冰瑶在对抗红色精灵时，芯片失控，导致她的时空力量扩大，最终变成了时空隧道。叶冰瑶通过这个隧道回到了自己的时空。

威斯基的穿越：

威斯基也穿过时空隧道找到了叶冰瑶，并与她共度了一天普通的男女朋友时光。尽管他们在一起的时间有限，但威斯基在离开时向叶冰瑶表达了他的心意。

未来的决定：

威斯基需要回到未来，而叶冰瑶在思考之后，决定跟随他一起回到未来，共同面对未知的未来。

这个结局虽然带有一些遗憾，但整体上给了一个积极向上的信号，即尽管经历了分离和困难，但主角们最终选择了为了彼此和未来的幸福而努力。