《时间的脚印》这篇文章在说明时间的脚印时，主要采用了以下几种方法：

举例子：

通过具体的实例来阐述岩石如何记录时间，例如提到蚜虫在五代之内能生出近60亿个子孙，细菌的繁殖力更强，一个细菌有时一天一夜就能变成380多万亿个。

列数字：

使用数字来量化岩石记录时间的方式，例如太阳离我们有一亿五千万千米远，一百三十万个地球的体积才能抵得上一个太阳。

打比方：

将太阳比作大火球，形象地说明太阳会发光、发热。

作比较：

通过比较不同事物来突出岩石记录时间的特点，例如蓝鲸的舌头比两头牛还重。

分类别：

按照岩石的不同记录方式来分类说明，例如岩石的厚度及生成次序记下了时间的踪迹，岩石保存了许多的历史痕迹。

逻辑顺序：

按照时间顺序和事物的内在联系进行说明，从岩石可以记录时间写到岩石怎样记录时间，最后写读懂岩石记录的重大意义。

这些说明方法使得文章表达的意思更明确、生动形象，增强了说服力，帮助读者更好地理解岩石记录时间的原理和意义。