《穿越西元3000后》的大结局是在 第794话。

《穿越西元3000后》是于2011年10月刊登在《飒漫画》的漫画作品，由小小作文负责作画，天平负责编剧。故事讲述了少女叶冰瑶在学校的一次露营活动中无意穿越到了西元3011年，在这里，她遇到了葳斯基、离、姬怜美、季风之隐等人。漫画以独特的画风和引人入胜的剧情受到了许多读者的喜爱。

在大结局中，叶冰瑶在对抗红色精灵时，芯片失控，导致她的时空力量扩大，变成了时空隧道。叶冰瑶回到了自己的时空。然而，葳斯基·卡列金也穿过隧道找到她，并与她度过了一天普通的男女朋友。最后，葳斯基·卡列金要回到未来，叶冰瑶决定跟随他一起回到未来。

此外，热心网友提供的结局中，A国皇帝告诉离博士他们原本的世界已经毁灭，让他们去新的世界重建家园。小鸢为了广寒宫和离博士选择留在西元3000后，并恳求A国皇帝让自己留下。A国皇帝同意了她的请求，送给她一本魔法书，让她留在西元3000后。小鸢最终留在了西元3000年，承担起保护广寒宫和重置时光的责任。至于其他角色如叶冰瑶和葳斯基，他们并没有出现在这个结局中。

综合以上信息，可以确定《穿越西元3000后》的大结局是在第794话，叶冰瑶和葳斯基一起回到了未来。