《爱莲说》中，作者周敦颐通过将莲花与牡丹对比，主要表达了以下思想感情：

对高洁品格的崇尚

莲花因“出淤泥而不染，濯清涟而不妖”被赋予君子品格，象征在污浊环境中保持高洁。作者借此表达对品德高尚、洁身自好的追求。

对世俗功利的批判

牡丹作为“花之富贵者”，象征追名逐利、媚俗享乐的世俗风气。作者通过对比，隐晦批判当时社会普遍存在的功利主义倾向。

自我人格的投射

莲花的形象与作者自身品格高度契合，既非完全脱离世俗的隐士，也不媚俗逐利，体现了“中通外直，不蔓不枝”的处世哲学。

对隐逸与入世态度的平衡

菊花因“花之隐逸者”形象被提及，但作者更强调莲花在污浊中保持本性的特质，隐含“以出世态度做入世之事”的理想人格。

综上，作者通过莲花、牡丹、菊花的对比，既表达了对高洁品格的赞美，也寄托了在复杂环境中坚守本心的哲学思考。