晋国司马氏皇族在刘裕建立刘宋政权后被 重创，但并未被完全灭族。以下是一些关键信息：

刘裕废晋恭帝：

公元420年，刘裕废掉并杀害了晋恭帝司马德文，随后取代东晋建立刘宋王朝。

大规模清洗：

刘裕为了稳固新生政权，对司马氏进行了大规模清洗，许多司马皇族成员或被诛杀，或被流放。

未完全灭绝：

尽管司马家族遭受了重创，但仍有少数司马氏后人隐姓埋名，散落民间，在历史的夹缝中求生。

因此， 司马家族并没有被刘裕完全灭族，但确实遭受了严重的打击和迫害。