周瑜在《三国演义》中输给诸葛亮的原因是多方面的，主要包括以下几点：

学识方面的不足：

周瑜虽然文武双全，但在学识上不如诸葛亮。诸葛亮精通天文、地理、奇门遁甲、阴阳五行等知识，这些在《三国演义》中多次帮助他化险为夷。例如，在赤壁之战中，诸葛亮用奇门遁甲借来东南风，帮助周瑜火攻曹操。

心胸狭窄，气量小：

周瑜被描绘成心胸狭窄，气量小，总是嫉妒诸葛亮的才华，并多次设计陷害诸葛亮，但都没有成功。这种心态不仅影响了他的判断，也导致了他最终失败。

战略眼光局限：

周瑜在战略眼光上存在局限，只考虑个人的利益，没有将孙刘联盟的重要性放在心上。而诸葛亮则能够从更高的角度考虑问题，注重联盟和整体利益。

对女人的不了解：

周瑜在与诸葛亮的较量中，还因为对女人太不了解而失败。例如，在刘备迎娶孙尚香的故事中，周瑜因为嫉妒而中了诸葛亮的计策。

历史与文学的区别：

需要指出的是，《三国演义》是一部历史小说，其中的情节和人物形象都有夸张和虚构的成分。虽然周瑜确实存在，但“既生瑜，何生亮？”的叹息并非出自他本人之口，而是后人艺术加工的结果。

综上所述，周瑜输给诸葛亮的原因是多方面的，包括学识上的不足、心胸狭窄、战略眼光局限以及对女人的不了解等。这些因素共同作用，导致了他最终在与诸葛亮的较量中失败。