《顽皮的汤姆》主要讲述了一个名叫汤姆·索亚的小男孩的冒险故事。汤姆幼年丧母，被姨妈收养，他聪明而顽皮，常常逃学闯祸。一天深夜，他与好朋友哈克贝里·芬到墓地玩耍，无意中目睹了一起凶杀案的发生。因为害怕被凶手发现他们知道这件事，汤姆和哈克带着另一个小伙伴一起逃到一座荒岛上做起了“海盗”，弄得家里以为他们被淹死了，结果他们却出现在了自己的“葬礼”上。经过激烈的思想斗争，汤姆终于勇敢地站出来，指证了凶手。

不久之后，在一次野餐活动中，汤姆与他心爱的姑娘贝姬在一个岩洞里迷了路，整整三天三夜饥寒交迫，面临着死亡的威胁。后来他们终于成功脱险，和好友哈克一起找到了凶手埋藏的宝藏。

汤姆·索亚是一个调皮的孩子，他和同父异母的弟弟一起接受姨妈波莉的监护。镇上有一个孩子叫哈克贝利·费恩，他的父亲总是酗酒，父母一直打架，因此他跑出来自己生活。汤姆和他是好朋友。有一天他们约好晚上一起去墓地，却看到了意想不到的一幕。他们看到医生、恶棍印江·乔埃喝得醉醺醺的莫夫·波特。在他们混乱的厮打中，印江·乔埃将医生杀死了，然后又嫁祸于被打昏的波特身上。汤姆和哈克被吓坏了，立了毒誓决不泄密。彼得被捕以后，汤姆十分内疚，经常去看望他。此时的汤姆事事不顺，贝琪生了他的气，不再理睬他，波莉姨妈也总是呵斥他，他觉得没有人关心他。于是，汤姆、哈克和村上的另一个孩子一起乘小船去了一个海岛。可没过多久，他们便发现村里的人们以为他们淹死了，正在搜寻他们的尸体。汤姆晚上悄悄回到了姨妈家，发现波莉姨妈正在为他的“死”悲痛欲绝。汤姆觉得十分惭愧。最终，他们三个人在村民们为他们举行葬礼的时候回来了。夏天来临时，汤姆便感到更加不安，因为法官将对彼得的罪行作出判决。汤姆终于战胜了恐惧与自私，指出了印江·乔埃就是杀人凶手。可凶手还是逃走了。后来，汤姆又想出了一个主意：寻找宝藏。汤姆和哈克偶然发现了印江·乔埃和他的一大笔不义之财。但他们却不知道他把钱藏在哪里了。在贝基和同学们外出野餐时，哈克得知印江·乔埃要去加害道格拉斯寡妇，因为她的丈夫曾经送他进过监狱。幸亏哈克及时报信才避免了一场悲剧的发生，可印江·乔埃再一次逃之夭夭。此时，汤姆和贝琪在野餐时走进了一个山洞，因为洞太深而找不到回来的路，被困在里面。他们在山洞里又一次遇见了印江·乔埃。村民费尽周折救出汤姆和贝琪之后便封死了山洞。后来汤姆告知村民印江·乔埃还在里面。当他们找到他时，他已经死在山洞里了。恶人得到了应有的报应。汤姆和哈克再次回到山洞里，找到了那笔藏着的宝藏。

《顽皮的汤姆》通过汤姆·索亚的冒险经历，展现了一个聪明、勇敢、正直、乐观的少年形象，同时也反映了19世纪美国密西西比河畔一个普通小镇的生活景象。