商鞅最后确实起兵反秦了。在秦孝公死后，秦惠文王即位，商鞅被公子虔诬陷谋反。在被逼无奈的情况下，商鞅选择起兵，但最终兵败被杀，尸体被拉到咸阳车裂示众，全族也被诛灭。

尽管商鞅对秦国立下了重大功劳，但由于他起兵反秦的行为，使得后世秦君无法为他平反。商鞅的谋反，实际上是被逼无奈，而非出于个人野心。在秦朝的法律和制度下，谋反是一项严重的罪行，商鞅的起兵行为使得他失去了正名的机会。

因此， 商鞅最后起兵反秦了，并且他的结局是非常悲惨的。