在电视剧《还珠格格》中，皇后与紫薇在第一部最后一集确实达成了和解。当时，皇上已经认下了紫薇，并且夫妻情分已经走到了尽头。皇后曾试图削发为尼，但在紫薇的劝说下，她最终改变了主意，两人和解了。

然而，到了第二部，皇后与紫薇的关系再次出现了裂痕。原因可能有以下几点：

皇后的靠山：

皇后在第一部中因为小燕子的身份问题而与紫薇产生敌意，但在第二部中，她找到了新的靠山，这使得她有足够的理由继续与紫薇和小燕子作对。

皇后的立场：

皇后认为小燕子和紫薇不会直接威胁到她的地位，因此她将矛头指向了五阿哥和令妃，认为他们才是真正对她构成威胁的人。

剧情需要：

电视剧在拍摄过程中，导演可能会根据剧情需要调整角色之间的关系，以增加戏剧冲突和观赏性。因此，皇后与紫薇的关系在第二部中再次出现裂痕，也可能是出于剧情发展的需要。

综上所述，皇后与紫薇在第二部中再次出现裂痕，可能是由于剧情需要、皇后的立场变化以及她找到了新的靠山等多种因素共同作用的结果。