“孑然一身”这个成语的深层含义包括：

孤独：

这是“孑然一身”最直接的表达，指一个人独自生活，没有伴侣或同伴。这种孤独可以是情感上的，也可以是社交上的，有时也用来形容一个人在某种情况下没有得到他人的支持或帮助。

独立：

除了孤独，“孑然一身”还暗含着一种精神上的独立。这种独立不仅仅是形体上的，更体现在一个人的思想、情感和生活方式上。它可能意味着一个人在面对生活的挑战时，依靠自己的力量去解决问题，而不依赖他人。

自由：

孑然一身也可以被看作是一种自由的状态。一个人没有伴侣或家庭的束缚，可以随心所欲地安排自己的生活和时间，追求自己的理想和兴趣。这种自由有时会带来一种无拘无束的感觉，但同时也可能伴随着孤独感。

综上所述，“孑然一身”不仅仅是指一个人孤孤单单地生活，它还包含了独立和自由的意义。这种表达方式在文学作品中常常用来描绘人物的内心世界和情感状态，使读者能够更深入地理解人物的性格和命运。