正史不承认南明的主要原因可归纳为以下几点：

一、缺乏稳定政权实体

政权分裂与内耗严重

南明由弘光、隆武、鲁监国、永历等多个政权并存组成，内部存在严重争权夺利。例如隆武帝与鲁王朱以海为争夺正统权爆发战争，导致军事力量分散，无法形成统一对抗外敌的合力。这种内耗直接削弱了南明的整体实力，使其无法有效抵抗清军南下。

未形成有效行政体系

南明缺乏稳定的中央政权机构，各地割据势力各自为政，甚至出现“监国”并立现象。弘光政权虽在江南拥有经济基础，但因沉迷于与清军议和，错失战略主动权，最终被清军击败。

二、历史地位与影响有限

存在时间短，疆域狭小

南明存在时间不足20年，且主要活动范围局限于南方，未实现全国统一。与东晋、南宋等延续数百年的政权相比，其历史影响力显著弱化。

缺乏显著历史建树

在文化、经济或军事上，南明未取得突破性成就。例如，郑氏政权在台湾虽长期使用南明国号，但未能有效开发当地资源或拓展疆域，未能改变南明“偏安一隅”的局面。

三、清朝统治者的刻意排斥

维护自身合法性

清朝建立后，为巩固统治，刻意淡化与明朝的关联，将明朝灭亡归因于农民起义（如李自成），并通过《明史》等官方史书切断南明与明朝的正统联系。这种做法旨在强化满族政权的合法性，避免历史倒退的认知。

历史叙事控制

清朝通过修史规范，排除南明相关记载。由于南明缺乏官方史书，后世史学家也因缺乏权威资料而鲜少研究，进一步导致其历史地位被边缘化。

四、传统正统观念的影响

“正统”标准的局限性

历史学家通常以“统一政权+稳定行政+显著成就”作为正统标准。南明因未能满足这些条件，难以被纳入传统正统体系。

综上，南明未被正史承认是多因素共同作用的结果，既包含其自身内部缺陷，也与外部政治环境密切相关。