商鞅在秦孝公去世后并未主动谋反，其被处决的真相存在不同史料记载，但综合权威资料可得出以下结论：

起兵背景与动机

商鞅被指控谋反后，起初选择逃跑而非直接对抗。他回到封地商邑后，因无处可逃，被迫率部攻打郑国以图自保。这一行为属于被迫的自我保护措施，而非蓄谋已久的反秦行动。

被捕与结局

商鞅在郑国被秦军包围后，主动投降并被俘获，随后被带回咸阳处以车裂之刑，全族被诛灭。由于他并未实际发动对秦国的反叛，秦惠文王虽以谋反罪名处决他，但更多是出于政治清洗的需要。

历史争议与结论

- 《史记》记载商鞅在秦孝公病重时拒绝传位给公子驷，可能为后世对其结局的争议埋下伏笔。

- 秦惠文王即位后，为巩固统治、安抚旧贵族势力，以谋反为名处决商鞅，而非因其实际谋反行为。

综上，商鞅未主动谋反，其被处决是秦惠文王政治清洗的结果。这一事件反映了战国时期变法派与旧贵族势力的激烈冲突。