在《小石潭记》中，作者柳宗元通过多种手法来描绘小石潭的水清澈。具体方法如下：

全石以为底 ：小潭的底部是由整块石头构成的，没有泥土或杂质，这直接说明了水的清澈透明。

侧面描写

游鱼的活动：

文中提到“潭中鱼可百许头，皆若空游无所依”，意思是潭中的鱼像在空中游动一样，没有任何依靠。这种描述通过鱼的活动间接反映了水的清澈和透明。

阳光和影子：通过描写阳光照射下，鱼的影子映布在石头上，进一步突出了水的清澈。例如，“日光下澈，影布石上”。

定点观察：

作者采用定点观察的手法，详细描写了水中的鱼、水底的石、岸边的竹树等，通过这些景物的描写，侧面烘托出水的清澈。

听觉描写：

虽然文中没有直接描写水声，但提到“如鸣珮环”的水声，也可以从侧面反映出水的清澈和宁静。

综上所述，柳宗元通过正面描写和侧面描写相结合的手法，生动地描绘了小石潭的水清澈。特别是通过游鱼的活动和阳光照射下的影子，巧妙地突出了水的透明和清澈。