当儿子在部队不能回家过年时，父母的回复应当体现出理解、支持和骄傲。以下是一种可能的回复方式：

亲爱的儿子，

虽然今年春节你无法回家与我们团聚，但我和妈妈的心始终与你同在。我们理解你在部队的责任和使命，也知道你为了国家和人民的安全付出了很多努力。你的坚强和努力让我们感到无比欣慰和骄傲。

虽然我们不能在一起共度佳节，但我们可以通过各种方式表达我们的思念和祝福。我们可以视频通话，分享彼此的生活和快乐，也可以寄送一些家乡的美食和礼物，让你感受到家的温暖。

儿子，你在部队干出成绩，就是送给家人最好的新年礼物。我们相信你会在部队继续发光发热，为国家的繁荣稳定贡献自己的力量。同时，我们也会照顾好自己，等待你凯旋归来。

愿你春节快乐，平安幸福，坚定信念，勇往直前。期待有一天，我们能够团聚在一起，共度美好时光。

爱你的爸爸妈妈

这种回复既表达了对儿子的理解和思念，又体现了对儿子在部队表现的骄傲和支持，同时鼓励儿子继续努力，期待他未来的归来。