马皇后的最后结局是非常悲惨的。她在晚年身患无法治愈的重病，最终在病痛中去世。尽管她拒绝了所有的治疗方式，选择忍受病痛带来的折磨，但她的离世给朱元璋带来了巨大的悲痛。

具体来说，马皇后在1382年（洪武十五年）农历八月因病去世，当时她正在睡觉时突然发病。尽管群臣请求祈祷祭祀，并请太医院的良医诊治，但马皇后坚决拒绝接受任何治疗，最终被病痛折磨至死。

马皇后在处理每一件事情时都表现出仁心，甚至能够在朱元璋处理事情时，以仁心说服他减轻刑罚。她的离世让朱元璋非常悲痛，以至于在之后再也没有立皇后。

总的来说，马皇后虽然一生荣耀，但最终却以这种痛苦的方式去世，实在令人扼腕叹息。