漫画《穿越西元3000后》的大结局如下：

A国皇帝告知离博士他们原本的世界已经毁灭，让他们去新的世界重建家园 。

小鸢为了广寒宫和离博士选择留在西元3000年后，并恳求A国皇帝让自己留下。A国皇帝同意了她的请求，并送给她一本魔法书，让她留在西元3000年后。

小鸢最终留在了西元3000年，承担起保护广寒宫和重置时光的责任。

至于其他角色如叶冰瑶和葳斯基，他们并没有出现在这个结局中。

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