北京联慈健康扶贫基金会是 合法的。该基金会是由中国健康扶贫工程组委会转型而来的独立法人机构，并且是国家认可的慈善组织。它以健康扶贫事业为宗旨，致力于促进与改善弱势人群的健康状况。北京联慈健康扶贫基金会已经获得了北京市民政局的4A级评估，并且其“微笑母亲-贫困地区妇女病救助项目”还成为了国家重大公共卫生项目。此外，基金会的成立和运营都需要经过民政部门的批准，并且需要取得营业执照，这都说明了它的合法性。