在电视剧《三生三世枕上书》的大结局中，凤九和帝君终于解除了误会，走到了一起。

具体来说，凤九在经历了种种波折后，终于明白了帝君的良苦用心，消除了两人之间的误解。在剧情的最后阶段，帝君彻底爱上了凤九，并对她展开了无微不至的宠溺。两人从阿兰若之梦出来后，帝君还表示要跟着凤九回青丘。最终，凤九和帝君有情人终成眷属，白滚滚也得以见到自己的父君。

此外，虽然有些剧情提到帝君在与凤九大婚当天因姬蘅的诡计而错过了与凤九的大婚，并且凤九出走，两百年后再相见时对帝君说了决绝的话，让帝君吐血，但为了天下，帝君决定独自一人去对付缈落。最终，凤九得知真相后，出现在缈落与帝君的决斗现场，两人联手打败了缈落，并且都存活下来了。最终结局中，东华帝君和凤九幸福地在一起了，并且生了个儿子叫白滚滚。

综上所述，凤九和帝君在《三生三世枕上书》的结局中最终走到了一起，并且有了一个幸福的家庭。