阿飞在电影《阿飞正传》中被生母抛弃，具体原因在电影中并没有明确说明，但可以从多个角度进行推测：

物质与道德考量

生母在菲律宾所居住的豪华庄园表明她并非因为物质上的困难而舍弃阿飞。相反，她有能力抚养他，但选择了抛弃。

生母可能因为阿飞是她的私生子，见不得光、上不得台面，是阴暗和污点，必须把这个孩子解决掉。但或许又有些作为母亲的不忍，到底还是让孩子出生了，并立即找了一个交际花抚养，把孩子从医院抱走了。

情感与心理创伤

阿飞从小缺少关爱，外表放荡、内心迷茫。他被生母抛弃后，对女性更多当作情感的玩物，而不是共同生活的伴侣。

阿飞对爱的不信任、害怕和屏蔽，是被生母抛弃所造成的情感障碍和心理障碍。生母的抛弃让他对爱失去了信心，导致他成为了一个无根鸟，永远没有归宿感。

社会与家庭背景

阿飞的父母在他很小的时候就抛下他给姨妈照料，姨妈年轻时出入歌舞厅物色各色人等，除了给钱从不把阿飞的教育放在心上。这种缺乏关爱的成长环境，可能让阿飞对家庭和母爱产生了深刻的怀疑。

综上所述，阿飞被生母抛弃的原因可能是多方面的，包括物质与道德考量、情感与心理创伤以及社会与家庭背景的影响。这些因素共同作用，导致了他对爱的不信任和对生活的绝望，最终成为了一个无根鸟，永远在寻找着归宿和爱的过程中飞翔。