在新版《还珠格格》中，萧之航是江南第一大侠，因杀了鱼肉乡里的巡抚之子，被诬陷为叛逆，最终被处死。然而，在乾隆皇帝的调查下，真相大白，萧之航的冤情得以洗刷。

具体情节如下：

萧之航的冤屈：

萧之航（原名方之航）因写了一首诗而被陷害，被捕入狱。后来，乾隆听信了奸臣方式舟的谗言，下令将萧之航处死。

乾隆的调查：

在紫薇、尔康等人的努力下，乾隆开始彻查萧之航的案件。最终，乾隆查清真相，发现是方式舟陷害萧之航，并非亲自下令斩首。

昭雪：

经过一系列波折，萧之航的冤情得以洗刷，恢复了清白。

因此，萧之航在新版《还珠格格》中的结局是 被平反昭雪。