朱元璋最终决定处死朱亮祖的原因可从以下两方面分析：

一、朱亮祖自身因素

缺乏谋反野心

朱亮祖虽曾背叛元朝并加入朱元璋，但史料显示他并无反叛朱元璋的意图。被俘后，他主动提出“若不杀之，则愿效死力”，表明其归降是出于对自身处境的考量，而非对朱元璋的忠诚。

握有免死铁券

朱元璋赐予朱亮祖丹书铁券，承诺其“一死免罪，二死免子”，这在法律上形成了对其生命安全的有效控制。朱亮祖深知反抗的代价极高，铁券成为他无法逾越的底线。

二、朱元璋的策略与环境因素

权力集中与监控

朱元璋通过设立锦衣卫等机构，对功臣进行严密监控，极大降低了他们反抗的能力。功臣们多在各自领域有专攻，缺乏与朱元璋直接对抗的实力。

历史经验与民心基础

朱元璋出身贫寒，深知“天下苦寒，唯读书人最苦”的道理。他通过减轻赋税、平定战乱等措施，赢得了百姓的支持，形成了相对稳定的统治基础。功臣们虽功高盖世，但难以获得广泛民意，反抗缺乏群众基础。

政治需要与平衡考量

处死朱亮祖也有助于消除潜在威胁。尽管朱亮祖无反叛意图，但其军事经验和影响力仍可能对朱元璋的统治构成隐患。通过果断清除异己，朱元璋巩固了政权稳定。

综上，朱亮祖因缺乏反叛动机且被铁券束缚，加之朱元璋的权力控制与战略布局，最终导致其悲剧结局。这一事件也反映了朱元璋在巩固政权过程中对功臣管理的复杂权衡。