韩愈作《祭鳄鱼文》的原因是因为 鳄鱼为害。据《新唐书·韩愈传》记载，韩愈刚到潮州，就听说境内的恶溪中有鳄鱼为害，把附近百姓的牲口都吃光了。于是，他写下了这篇《祭鳄鱼文》，劝戒鳄鱼搬迁。韩愈在文中以鳄鱼为对象，引经据典严正宣告，五湖四海都是唐朝国土，自己受天子之命来镇守此地，岂容尔等凶顽之辈肆虐害民。他还准备了猪羊作为祭品，并宣读《祭鳄鱼文》，要求鳄鱼在限定时间内搬迁，否则将赶尽杀绝。

此外，这篇文章也隐含了对当时社会现实的批判，韩愈在劝戒鳄鱼搬迁的同时，实则鞭笞了当时祸国殃民的藩镇大帅和贪官污吏。通过这篇文章，韩愈不仅为民除害，还展示了他关心民生疾苦、大义凛然的品格，以及驾驭语言的非凡才华。