《穿越西元3000后》的漫画结局存在多个版本，具体如下：

版本一

姬怜美已被时空反噬而死，路邦选择随她一起去。

A国皇帝告诉离博士他们原本的世界已经毁灭了，让他们去新的世界重建家园。

小鸢为了广寒宫和离博士选择留在西元3000后，并恳求A国皇帝让自己留下，A国皇帝同意了她的请求，送给她一本魔法书，让她留在西元3000后。

版本二

叶冰瑶在对抗红色精灵时，芯片失控，把叶冰瑶的时空力量扩大，变成了时空隧道，叶冰瑶回到了自己的时空。

葳斯基·卡列金也穿过隧道找到她，并与叶冰瑶做了一天普通的男女朋友。

最后，葳斯基·卡列金要回到未来，叶冰瑶决定一起回到未来。

他们揭开了玲美的真面目，原来她的记忆被改过，成为了火星的间谍（也是火星的头目）。

在战争中，葳和季风之隐释放了恶魔之子的能量，大败火星军。

战争结束后，葳需要喝血，背离发现了并给了葳解药。

葳带叶冰瑶回到四季城堡，再一次找到了极光雪莲，并向她求婚。

根据以上信息，可以得出《穿越西元3000后》的漫画结局存在多个版本，有多个角色的命运和故事走向。建议您根据自己阅读的版本选择相应的结局内容。