《穿越西元3000后》的大结局存在多个版本，以下是可能的结局：

叶冰瑶回到自己的时空

叶冰瑶在对抗红色精灵时，芯片失控，导致她的时空力量扩大，最终变成了时空隧道。叶冰瑶通过这个隧道回到了自己的时空。然而，威斯基也穿过隧道找到了她，并与她共度了一天普通的男女朋友。最后，威斯基决定回到未来，而叶冰瑶决定跟随他一起回到未来。

葳瑶幸福生活

葳瑶和瑶瑶幸福地生活在一起，可能经历了许多波折和挑战，但最终两人修成正果。

瑶/葳挂掉或失踪

瑶瑶或葳瑶可能因为某些原因挂掉或失踪，但他们的意志得到了传承，另一个人继续他们的事业或生活。

恢复平静生活

瑶瑶恢复了平静的生活，与葳瑶再无牵绊，两人各自过上了新的生活。

Sky和瑶瑶的故事

Sky穿越到瑶瑶的世界后，决定不再回去，而是留在那里与瑶瑶一起生活。尽管Sky有修战斗机的才能，但他选择修车，并与瑶瑶在小房子里甜蜜地生活。最后，Sky建议利用他的未来人头脑赚大钱，带瑶瑶过上幸福的生活。

开放式结局

瑶瑶去了大学，社团里也有一个类似的时空装置需要修复，但修复时间不确定。这个结局被认为是开放式的，给观众留下了想象的空间。

综上所述，《穿越西元3000后》的大结局存在多个版本，具体结局可能因版本更新而有所变化。建议您关注最新的漫画更新，以获取最准确的结局信息。