《大自然的语言》第九段主要运用了以下说明方法：

举例子

通过具体事例说明逆温层对物候现象的影响。例如，1962年山桃、杏花等植物花期比前一年推迟，南京桃花比北京早开20天等实例，生动展示了逆温层对植物生长期的影响。

作比较

通过对比不同地点或不同年份的物候现象，突出环境因素的作用。如南京与北京的桃花开放时间差异，以及山桃、杏花花期变化与气温的关系。

打比方

将“活的仪器”（如植物）比作“活的仪器”，形象地说明植物对环境变化的敏感性和指示作用。

这些方法共同作用，使读者能够更直观地理解逆温层对物候现象的复杂影响。