《新还珠格格》第二部的大结局存在多个版本，具体如下：

含香和蒙丹团圆：

含香和蒙丹是青梅竹马的恋人，含香被迫成为皇上的妃子，蒙丹则一路追随含香到北京，决心救出她。他们坚定不移的爱情和勇气最终打动了小燕子等人，他们设计救出了含香，使这对恋人得以团圆。

小燕子和永琪、紫薇和尔康在一起：

小燕子、永琪、紫薇和尔康最终都生活在了一起，尽管过程中经历了许多波折，但最终都得到了幸福。

乾隆皇帝驾崩，五阿哥登基：

皇帝驾崩后，五阿哥登基成为新的皇帝，小燕子和永琪、紫薇和尔康都回到了皇宫，并举行了婚礼。

小燕子和永琪、紫薇和尔康隐居：

小燕子和永琪、紫薇和尔康决定放弃皇宫的生活，到民间隐居，过上了逍遥自在的日子。最终，他们得知乾隆皇帝非常想念他们，于是跟随他回宫。

小燕子和永琪、紫薇和尔康回宫结婚：

小燕子和永琪、紫薇和尔康回宫后，举行了婚礼，皇后和容嬷嬷也改过自新，不再为难他们。最后，小燕子和永琪、紫薇和尔康都过上了幸福的生活。

综合以上信息，可以得出《新还珠格格》第二部的大结局是 小燕子和永琪、紫薇和尔康都过上了幸福的生活。尽管过程中经历了许多波折和分离，但最终他们都得到了幸福和团圆。