《穿越西元三千后》的大结局内容如下：

叶冰瑶的时空力量失控：

在对抗红色精灵的过程中，叶冰瑶体内的芯片失控，导致她的时空力量被扩大，形成了一个时空隧道。

回到自己的时空：

叶冰瑶通过这个时空隧道回到了自己的时空。

威斯基的穿越：

威斯基也穿过隧道找到了叶冰瑶，并与她度过了一天普通的男女朋友。

决定一起回到未来：

最后，威斯基要回到未来，叶冰瑶决定跟随他一起回到未来。

这个结局描绘了叶冰瑶和威斯基之间跨越时空的爱情故事，并以叶冰瑶回到自己的时空并决定跟随威斯基回到未来作为结尾。