在《汤姆索亚历险记》中，汤姆和蓓姬在山洞里的历险遭遇了以下困难：

食物和水的短缺：

他们最初没有带太多的食物和水，汤姆甚至把食物分给了蓓姬，而自己则装作不饿。

黑暗的环境：

山洞内非常黑暗，他们害怕蜡烛用完，这增加了他们的恐惧感。

迷路：

他们在山洞里迷了路，找不到出去的路，汤姆看到远处的烛光以为是救援，结果发现是印第安人乔。

遇到坏人：

他们遇到了两个坏人，这两个坏人来找回杀人后得到的宝藏，惊动了汤姆他们。

声音的困扰：

蓓姬害怕寂静，让汤姆多说话，但多说话就会口干，这给他们的处境增添了更多的困难。

饥饿和干渴：

随着时间的推移，他们的食物和水逐渐耗尽，饥渴成为了他们面临的严重问题。

恐惧和绝望：

在山洞里被困的三天三夜里，他们经历了极大的恐惧和绝望，但最终在汤姆的勇敢带领下找到了出口。

印第安人乔的威胁：

他们遇到了杀人犯印第安人乔，这个恶人困死在了山洞里，给汤姆和蓓姬带来了极大的心理压力和危险。

综上所述，汤姆和蓓姬在山洞里的历险充满了食物和水的短缺、黑暗的环境、迷路、遇到坏人、声音的困扰、饥饿和干渴、恐惧和绝望，以及印第安人乔的威胁等多方面的困难。最终，他们通过汤姆的勇敢和智慧成功逃脱了山洞。