《穿越西元三千后》的大结局是 叶冰瑶和葳斯基一起回到未来。在漫画的最后一部分，叶冰瑶在对抗红色精灵时，她的芯片失控，导致她的时空力量扩大，形成了一个时空隧道。叶冰瑶通过这个隧道回到了自己的时空。然而，葳斯基也穿越了隧道，找到了她，并与她度过了一天普通的男女朋友时光。最后，葳斯基必须回到未来，叶冰瑶决定跟随他一起回到未来。

这个结局给读者留下了深刻的印象，展示了叶冰瑶和葳斯基之间深厚的感情以及他们共同面对未知未来的勇气。尽管漫画在2011年就已经开始连载，并且结局在2014年就已经公布，但这个温馨的故事和深刻的主题仍然让许多读者感动不已。