关于漫画《穿越西元3000后》的大结局，综合搜索结果分析如下：

主要角色去向

小鸢：

为保护广寒宫和承担时光重置责任，选择留在西元3000年。她获得了离博士赠送的魔法书，成为关键角色。

葳斯基·卡列金：最终与叶冰瑶相遇后，选择回到未来，未与她同行。

其他角色发展

离博士：

其身份和动机尚未完全明确，但提到曾对叶冰瑶有研究兴趣，结局中未明确其去向。

慕容雪：因计划失败被叶冰瑶阻止，结局中未出现。

故事主题延伸

结局暗示了角色们对责任与选择的坚守，例如小鸢的牺牲精神，以及葳斯基对叶冰瑶的承诺。

注：由于搜索结果中存在多个不同版本，以上结论综合自多个来源的推测，可能与官方未完全公开的内容存在差异。