穿越西元3000后的女主角叶冰瑶和男主角葳斯基在漫画中 逐渐恢复记忆。虽然目前没有明确提到他们完全恢复了记忆，但根据剧情发展，我们可以推测他们的记忆是在某个时间点开始逐渐恢复的。

在漫画的早期章节中，葳斯基和叶冰瑶已经恢复部分记忆，并举行了婚礼。这表明他们在这个千年后的世界中逐渐找回了过去的记忆。然而，恢复记忆的过程可能是缓慢的，并且可能伴随着一些挑战和困难。

因此，虽然我们不能确定他们何时完全恢复了记忆，但可以推测他们的记忆是在剧情的某个阶段开始逐渐恢复的，并且这个过程可能会在后续的章节中继续展开。