当三年级学生在期末结束时，老师回复家长的祝福时，可以采用以下几种方式：

表达感谢

感谢家长的祝福和支持，强调家长的支持是孩子进步和成长的重要动力。

肯定孩子的努力

肯定孩子们在学期中的努力和进步，表达对孩子们未来的美好期望。

强调家校合作的重要性

强调家校合作的重要性，表示将继续与家长携手合作，共同为孩子的成长创造良好的环境。

鼓励家长继续支持

鼓励家长在假期期间继续关注和支持孩子的学习和生活，共同促进孩子的全面发展。

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亲爱的家长，

非常感谢您在这个学期里对孩子的关心和支持。看到孩子们在期末考试中取得的进步，我深感欣慰，这离不开您的鼓励和配合。

您的祝福让我倍感温暖，也让我更加坚定了教育孩子的信心。请继续关注孩子的学习和生活，与我们一起为他们加油鼓劲。相信在大家的共同努力下，孩子们一定能够取得更大的进步，拥有一个美好的未来。

再次感谢您的祝福和支持!

祝好!

[老师姓名]

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这样的回复既表达了对家长祝福的感谢，又展示了老师对学生的关爱和对未来工作的信心，有助于增进家校之间的信任和合作。