《新还珠格格》中的小燕子和永琪最终走到了一起。以下是他们结局的详细情况：

永琪的决定：

永琪认为任务已完成一半，孩子将是他留给额娘的希望。他向皇上辞行，皇上尊重他的选择，并称若他三年未归，将宣告其去世。永琪带着孩子和燕子钟，在孩子满月之时孤身骑马出宫。

小燕子的等待：

小燕子在早已超过约定期限的某日终于再相会。永琪在大理找到了小燕子，他们终于团聚。

皇上的态度：

皇上被他们的真挚感情所打动，不仅原谅了他们之前的过错，还特别封紫薇为“明珠格格”，并主持了他们的婚礼。

班杰明的离开：

班杰明在结局中独自踏上了回国道路，留下了祝福。

综上所述，小燕子和永琪在经历了种种磨难和考验后，终于迎来了幸福的时刻，有情人终成眷属。