小燕子在电视剧《新还珠格格》中的真实身份是浙江巡抚萧之航的女儿。她原本是一个市井女混混，后来因为一系列的误会和巧合，被误认为是乾隆皇帝的私生女，从而被封为了“还珠格格”。实际上，小燕子的真实身份是萧剑失散多年的亲妹妹，她和萧剑一起联手，想要为他们的父母报仇。

尽管小燕子在剧中一直以为自己就是乾隆皇帝的亲生女儿，但实际上她并不是。她的真实身份被揭示后，她最终觅得良缘，成为了名副其实的皇家格格。

建议观众在观看《新还珠格格》时，可以更加深入地了解小燕子的背景故事，以便更好地理解她在剧中的行为和决策。