《新还珠格格第三部：天上人间》的大结局中，主要角色的命运如下：

永琪和小燕子：

永琪最终选择放弃太子之位，与小燕子隐居在大理，过上了平静的农民生活。他们在大理开农庄、开茶园，过上了民间的商人生活，并且幸福快乐地生活在一起。

紫薇和尔康：

紫薇和尔康最终结婚，并且紫薇被封她为耀眼明珠，赐婚给尔康。他们一同返回宫廷，并开始了新的生活。

萧剑和晴儿：

萧剑和晴儿也最终走到了一起，并且得到了太后的祝福。

班杰明：

班杰明默默离开，完成了他守候小燕子的使命。

乾隆皇帝：

乾隆皇帝微服出行，来到大理看望小燕子他们。通过对话透露出，这一群人在云南大理开农庄、开茶园，过上了民间的商人生活。

欣荣：

欣荣生下了孩子，永琪向皇上辞行，决定追随小燕子远走大理。

总体来说，这个结局突出了主要角色在大理的幸福生活，并且通过乾隆皇帝的微服出行，展示了他们虽然离开了皇宫，但仍然保持着紧密的联系和幸福的生活。